Svou dnešní podobu získala Základní škola Komenského v roce 2000 po kompletní rekonstrukci a dostavbě nového křídla školy v Havlíčkově ulici. Rozrostla se mimo jiné o unikátní hvězdárnu, auditorium či moderní sportovní halu. Počátek historie školy ale sahá daleko do minulosti, do doby, kdy se koncem 19. století stal Nymburk důležitým železničním uzlem. V roce 1872 byla v Nymburce otevřena dílna na opravu železničních vozidel a stávající obecná škola (dnešní ZŠ Tyršova) rázem přestala stačit prudkému nárůstu počtu obyvatel. Proto je v roce 1897 „na Spálence“ vystavěna pod vedením architekta Josefa Červeného nová pětitřídní obecná škola smíšená.
Z kroniky z r.1897: Budova dvoupatrová, průčelím k jihu obrácená, sestávající ze schodiště a prozatím z levého křídla, může býti v čas potřeby rozšířena křídlem pravým, a pak bude tvořiti celek souměrný. V budově jest osm tříd, ředitelna, sborovna, 2 kabinety a byt školníkův sestávající z kuchyně a jednoho pokojíčku při vchodu.
Už tehdy byla vytápěna ústředním parním topením.
Součástí školy byla už od roku 1898/1899 jednotřídní škola mateřská. Neplatilo se v ní školné a pěstounka, jak se říkalo učitelce v MŠ, pečovala o bezmála stovku dětí. V květnu 1902 byla zahájena stavba nového křídla školy a zároveň požádáno o rozdělení školy na chlapeckou a dívčí.
Nymburští ale toužili po vyšším vzdělání pro své děti – po reálce. Otázka zřízení střední školy v Nymburce se na konci 19. století stala dokonce součástí volebního programu radniční opozice, v jejímž čele stál stavitel Červený. Po vítězných volbách získal Josef Červený jako nový starosta 19. července 1903 povolení ministerstva školství zřídit v Nymburce obecní vyšší reálku.
První třída reálky byla otevřena již počátkem školního roku 1903/1904. Ředitelem se stal profesor reálky v Mladé Boleslavi Josef Materna. 53 žáci usedli 18. září 1903 do provizorních tříd v nově přistavěném křídle obecní školy „Na spálence“. Brzy se ukázalo nezbytné rozšířit počet tříd. V červnu 1907 byl položen základní kámen nové budovy školy a 16. září 1907 provedena kolaudace! Stavbu ocenili dokonce pořadatelé mezinárodní výstavy o školní hygieně v Londýně v roce 1907 čestným uznáním pro městskou radu.
„Jako náš národ malý velikým musí se stávat duchem a věděním, aby zápasiti mohl se vzdělanými národy evropskými na poli osvěty, tak musí naše město spěti kupředu a dbáti rozkvětu svých škol, zdrojů to vědy a vzdělanosti, aby nezůstalo pozadu za jinými v porovnání daleko menšími městy.“
– vyjádření městské rady k otevření reálky v Nymburce
Dostavba školy v Havlíčkově ulici byla slavnostně otevřena 30. srpna 1999. Interiér dostavby zářil novým vybavením učeben, kabinetů, chodeb, šaten. Lákadlem se při první návštěvě ukázalo zejména auditorium v přízemí a observatoř, kde se nachází druhý největší teleskop v naší republice.
„Dne 30. 8. 2000 došlo k další památné události, hosté i „domácí“ mohli vstoupit do zrekonstruované školní budovy čp. 589, která od této chvíle slouží výuce dětí mladšího školního věku.„
